Kikonai è una fermata ferroviaria chiave nel sud di Hokkaido, situata tra il corridoio del Tunnel Seikan e l'area di Hakodate. La città ha un unico principale hub ferroviario passeggeri, la stazione di Kikonai, servita da JR Hokkaido sulla Hokkaido Shinkansen e dalla South Hokkaido Railway sulla linea Isaribi. Questo rende Kikonai uno dei pochi luoghi in Hokkaido in cui i treni Shinkansen e i servizi ferroviari locali costieri si incontrano.
I servizi da Kikonai includono i treni Shinkansen Hayabusa e Hayate sulla tratta che collega Hokkaido con il nord di Honshu, oltre ai treni locali della linea Isaribi verso Goryokaku e Hakodate. La stazione di Kikonai è la stazione ferroviaria utilizzata sia per i servizi a lunga percorrenza con posto riservato sia per i viaggi regionali nell'area meridionale di Oshima.
Le linee ferroviarie da Kikonai si dirigono a nord verso Shin-Hakodate-Hokuto e la rete ferroviaria più ampia di Hokkaido, a sud attraverso il Tunnel Seikan verso Shin-Aomori, Morioka, Sendai e Tokyo, e a est lungo la linea Isaribi verso Hakodate. Prenota online i treni da e per Kikonai su Rail Monsters.