Morioka è un importante nodo ferroviario nel nord di Honshu, situato sulla Tohoku Shinkansen tra Sendai, Aomori e il corridoio di Tokyo. La città ha una principale stazione ferroviaria a lunga percorrenza, Morioka Station, servita da JR East e dalla IGR Iwate Galaxy Railway. Morioka è anche il punto di giunzione in cui i treni dell'Akita Shinkansen lasciano la linea Tohoku Shinkansen diretti verso la prefettura di Akita.
I treni da Morioka includono servizi Shinkansen di JR East, treni regionali JR East in tutta la prefettura di Iwate e servizi della IGR Iwate Galaxy Railway a nord della città. Morioka Station gestisce treni ad alta velocità, servizi locali e regionali limitati, e i collegamenti tra lo Shinkansen e le linee ferroviarie convenzionali. Non esiste una stazione ferroviaria diretta presso l'aeroporto di Iwate Hanamaki, quindi i passeggeri ferroviari di norma utilizzano Morioka Station con trasferimento su strada successivo.
Le linee ferroviarie da Morioka si dirigono a sud verso Sendai, Fukushima, Utsunomiya e Tokyo, a nord verso Hachinohe, Shin-Aomori e Aomori, a ovest verso Kakunodate e Akita, e a est verso Miyako sul lato Sanriku di Iwate. Prenota online i treni da e per Morioka su Rail Monsters.