Shinjo è uno snodo ferroviario nella parte settentrionale della prefettura di Yamagata e capolinea nord dello Shinkansen di Yamagata. La città ha una stazione ferroviaria principale per passeggeri, Shinjo Station, servita da JR East. Il suo ruolo ferroviario è definito dal punto d'incontro dei servizi Tsubasa in standard Shinkansen, della Ou Main Line e delle linee regionali attraverso l'entroterra del Tohoku.
I servizi ferroviari da Shinjo includono i treni Tsubasa che circolano sul corridoio dello Shinkansen di Yamagata, i treni regionali della Ou Main Line verso sud attraverso la prefettura di Yamagata e verso nord in direzione della prefettura di Akita, e i servizi locali sulla Rikuu East Line. Shinjo Station gestisce sia servizi a lunga percorrenza con posti riservati sia treni locali, rendendola la stazione ferroviaria chiave per i biglietti del treno nell'area di Mogami.
Le linee ferroviarie da Shinjo vanno verso sud in direzione di Yamagata, Fukushima, Utsunomiya e Tokyo, verso nord in direzione di Yuzawa e Akita, e verso est in direzione di Naruko-Onsen e Furukawa per i collegamenti nel Tohoku. I treni per Shinjo servono anche le comunità locali in tutta la parte settentrionale di Yamagata. Prenota online i treni da e per Shinjo su Rail Monsters.