Yokohama è uno degli snodi ferroviari più trafficati dell'area metropolitana di Tokyo e un punto di trasferimento chiave tra il centro di Tokyo, la prefettura di Kanagawa e il corridoio Tokaido. La città ha due principali punti ferroviari per le lunghe percorrenze: la stazione di Yokohama per i servizi JR East, Keikyu, Tokyu e Sotetsu, e la stazione di Shin-Yokohama per i treni Tokaido Shinkansen di JR Central.
I servizi ferroviari da Yokohama includono partenze dei treni proiettile da Shin-Yokohama, servizi ferroviari regionali e urbani JR East alla stazione di Yokohama, servizi ferroviari privati verso Tokyo e Kanagawa, e treni Keikyu che collegano Yokohama con l'aeroporto di Haneda. Shin-Yokohama è la principale stazione ferroviaria per i biglietti dei treni proiettile intercity, mentre la stazione di Yokohama gestisce una gamma più ampia di collegamenti ferroviari regionali e aeroportuali.
Le linee ferroviarie da Yokohama si dirigono a nord verso Tokyo, Shinagawa e Shibuya, a ovest lungo il Tokaido Shinkansen verso Nagoya, Kyoto e Osaka, a sud verso Kamakura e la penisola di Miura, e a sud-ovest verso Odawara e l'area di Izu. Prenota online i treni da e per Yokohama su Rail Monsters.