Zhubei è la principale città ferroviaria della contea di Hsinchu e occupa una posizione insolita nella rete di Taiwan: la città ha sia una stazione di Taiwan Railways sulla Western Trunk Line sia la stazione Hsinchu High Speed Rail entro i suoi confini. Taiwan Railways serve il centro di Zhubei, mentre Taiwan High Speed Rail utilizza Hsinchu Station nella parte orientale di Zhubei per i treni interurbani ad alta velocità.
I treni da Zhubei coprono due diversi schemi di servizio. I treni locali e regionali di Taiwan Railways fermano alla stazione Zhubei per i viaggi lungo il corridoio tradizionale della costa occidentale. I treni ad alta velocità THSR fanno tappa alla stazione Hsinchu HSR per i viaggi nord-sud attraverso la parte occidentale di Taiwan. La stazione Liujia, sulla Liujia Line di Taiwan Railways, collega l'area HSR con la città di Hsinchu via ferrovia.
Le linee ferroviarie da Zhubei vanno verso nord in direzione di Taoyuan, Banqiao, Taipei e Nangang, verso sud in direzione di Miaoli, Taichung, Chiayi, Tainan e Zuoying, e verso ovest in direzione della città di Hsinchu sui servizi di Taiwan Railways. Non esiste una stazione ferroviaria aeroportuale diretta a Zhubei, ma i collegamenti ferroviari verso Taoyuan si integrano con i trasporti aeroportuali. Prenota online i treni da e per Zhubei su Rail Monsters.