ディジョンはフランス東部の主要な鉄道拠点で、パリ=リヨンの高速回廊とブルゴーニュ=フランシュ=コンテ各地を結ぶ地域路線の間に位置しています。市内には2つの旅客駅があり、ディジョン=ヴィル駅が長距離・地域列車の主要駅として機能しています。SNCF Voyageursがディジョン発着のほとんどの列車を運行しており、一部のTGV Lyriaサービスが市とスイスを結んでいます。
ディジョン発の鉄道サービスには、TGV INOUIの高速列車、TER Bourgogne-Franche-Comteの地域列車、そしてパリ〜スイス回廊を走る国際高速サービスが含まれます。ディジョン=ヴィル駅が主な都市間輸送を担い、ディジョン・ポルト・ヌーヴ駅は市の東側にある主に地域列車用の停車駅です。ディジョンには空港鉄道サービスがないため、長距離の空港アクセスには通常パリまたはリヨンを利用します。
ディジョンからの鉄道路線は、北西へパリ方面、南へリヨンとローヌ渓谷方面、東へブザンソンとスイス方面、そしてブルゴーニュを通ってボーヌ、シャロン=シュル=ソーヌ、マコン方面へと延びています。ディジョン発着の列車はRail Monstersでオンライン予約できます。