バーリはプッリャ州の主要な鉄道拠点であり、アドリア海鉄道回廊における南イタリアの重要駅のひとつです。市内には主要旅客ターミナルとしてバーリ・チェントラーレがあり、国内列車、地域列車、空港連絡列車、近郊列車の各運行事業者が使うエリアが分かれています。長距離列車はトレニタリアとイタロが担当し、フェロトラムヴィアリアとフェッロヴィエ・デル・スド・エストがバーリ周辺の重要な地域路線を運行しています。
バーリ発の列車には、フレッチャロッサの高速列車、アドリア海沿岸を走るインターシティ、プッリャ州内のレジョナーレ列車、そしてフェロトラムヴィアリアが運行する空港連絡列車があります。バーリ・チェントラーレは国内各地への出発における主要駅であり、バーリ・アエロポルト駅は市内鉄道網とバーリ・カルロ・ヴォイティワ空港を結びます。
バーリ発の鉄道路線は北西にフォッジャ、ペスカーラ、ボローニャ、ミラノ、トリノへ、西にローマ、ナポリへ、南にブリンディジ、レッチェへ、さらに内陸部ではターラントやフェッロヴィエ・デル・スド・エストが運行する町へ向かいます。地域列車はバーリと、バルレッタ、モノーポリ、マルティーナ・フランカなどの沿岸・内陸のプッリャ州の都市も結んでいます。バーリ発着の列車はRail Monstersでオンライン予約できます。