京都は、日本で最も利用客の多い東西鉄道軸上、東京-名古屋回廊と大阪-神戸エリアの間に位置しています。市内には京都駅という圧倒的な主要長距離駅があり、山科、二条、嵯峨嵐山を含む複数の地域駅がそれを支えています。JR東海は京都で東海道新幹線を運行し、JR西日本と近鉄は多くの地域輸送および都市間輸送を担っています。
京都発の列車には、東海道新幹線の高速列車、JR西日本の特急・普通列車、奈良および関西中心部方面の近鉄列車、そして関西国際空港へ向かうJR西日本の「はるか」空港特急が含まれます。京都駅は、東海道新幹線、空港連絡鉄道、そしてほとんどの長距離列車チケットの主要駅です。
京都発の鉄道路線は、東へ名古屋・東京方面、西へ新大阪・神戸・広島・博多方面、南へ奈良方面、そして関西圏を横断して大阪・関西空港方面へ伸びています。JR西日本の地域列車は、京都を滋賀県、琵琶湖、山陰方面にも結んでいます。京都発着の列車はRail Monstersでオンライン予約できます。