コインブラは、リスボンとポルトの間にあるポルトガルの主要な南北鉄道軸上に位置し、国鉄CPネットワークにおける重要な停車駅となっています。市内には2つの旅客駅があり、長距離列車用の北線上のCoimbra-Bと、市中心部にあるローカル・地域接続用のコインブラ駅です。この駅の組み合わせにより、コインブラは終着都市というより、ポルトガル中部の鉄道ハブとして明確な役割を担っています。
コインブラ発着の列車には、Alfa Pendular、Intercidades、InterRegionalおよびRegionalの各サービス、そしてCoimbra-Bとコインブラ駅の間を結ぶCPのローカル列車が含まれます。Coimbra-Bは長距離列車チケットの主要駅であり、コインブラ駅は市中心部へのアクセスや地域内の短距離移動に利用されます。現在、ポルトガルにはコインブラを通る高速鉄道はありませんが、Alfa Pendularはこの区間で最速の従来型長距離サービスです。
コインブラ発の鉄道路線は、南へリスボン、サンタレン、アルガルヴェ方面へ、北へアヴェイロ、ポルト、ブラガ、ギマランイス方面へ、また地域路線としてフィゲイラ・ダ・フォシュやモンデゴ回廊の各町へ運行しています。コインブラ発着の列車はRail Monstersでオンライン予約できます。