미나마타에는 여러 주요 기차 노선이 있어 다양한 중요한 도시와 연결됩니다. 미나마타에서 구마모토까지의 노선은 약 120킬로미터를 커버하며 약 2시간이 걸려 구마모토 지역에 접근할 수 있습니다. 또 다른 중요한 여행은 미나마타에서 나가사키까지이며, 이 거리는 약 160킬로미터로 약 3시간이 소요됩니다. 또한, 미나마타에서 가고시마까지 기차가 운행되며, 이 거리는 약 90킬로미터이고 약 1.5시간이 소요됩니다. 이러한 노선은 구마모토 현 내외를 이동하는 통근자와 여행자에게 필수적입니다.