Annecy to kluczowy węzeł kolejowy w Haute-Savoie, położony między Alpami Francuskimi, doliną Rodanu i obszarem Genewy. W mieście znajduje się jeden główny pasażerski dworzec kolejowy, stacja Annecy, a także dodatkowe lokalne przystanki w szerszym obszarze miejskim. SNCF Voyageurs zapewnia główne francuskie połączenia kolejowe, natomiast Leman Express łączy Annecy z transgraniczną siecią kolejową wokół Genewy.
Pociągi z Annecy obejmują połączenia TGV INOUI na trasie do Paryża, regionalne pociągi TER Auvergne-Rhone-Alpes w całej wschodniej Francji oraz połączenia Leman Express w kierunku granicy ze Szwajcarią. Stacja Annecy jest głównym dworcem kolejowym dla odjazdów dalekobieżnych, regionalnych i transgranicznych, więc większość biletów kolejowych dla miasta korzysta z tej stacji jako punktu początkowego lub docelowego.
Trasy kolejowe z Annecy biegną na północny zachód w kierunku Paryża i krajowej sieci dużych prędkości, na południowy zachód w kierunku Lyonu i doliny Rodanu, na południe w kierunku Chambéry i Grenoble oraz na północny wschód w kierunku Genewy, Annemasse i sieci Leman Express. Zarezerwuj pociągi z i do Annecy online w Rail Monsters.