Annaka jest drugim co do znaczenia węzłem kolejowym w zachodniej prefekturze Gunma, położonym między Takasaki a obszarem przełęczy Usui. Miasto ma dwie główne stacje pasażerskie: Annaka-Haruna na linii Hokuriku Shinkansen oraz stację Annaka na głównej linii Shinetsu JR East. Dzięki temu Annaka oferuje zarówno dostęp do pociągów dużych prędkości, jak i lokalne połączenia kolejowe w rejonie Takasaki.
Pociągi z Annaki obejmują połączenia Hokuriku Shinkansen na stacji Annaka-Haruna oraz regionalne pociągi JR East na stacji Annaka. Annaka-Haruna jest główną stacją kolejową do dalekobieżnych podróży w kierunku korytarza tokijskiego i prefektury Nagano, natomiast stacja Annaka obsługuje połączenia lokalne między Takasaki a Yokokawa na linii Shinetsu Main Line.
Trasy kolejowe z Annaki biegną na południowy wschód w kierunku Takasaki, Omiya, Ueno i Tokio, a na północny zachód w kierunku Karuizawy, Sakudairy, Uedy i Nagano. Pociągi regionalne łączą także Annakę z Yokokawa na zachodnim końcu linii Shinetsu Main Line. Zarezerwuj pociągi z i do Annaki online w Rail Monsters.