Honjo leży w północnej części prefektury Saitama na korytarzach kolejowych JR East łączących obszar Tokio z Takasaki i prefekturą Niigata. Miasto ma dwie główne stacje pasażerskie: stację Honjo na konwencjonalnej linii Takasaki oraz stację Honjo-Waseda na Joetsu Shinkansen. Dzięki temu Honjo ma zarówno regionalne połączenia w całej Saitamie i Gunmie, jak i szybki dostęp kolejowy na osi Tokio - Niigata.
Pociągi z Honjo obejmują usługi JR East linii Takasaki korzystające ze stacji Honjo oraz usługi Joetsu Shinkansen zatrzymujące się na stacji Honjo-Waseda. Linia konwencjonalna służy do połączeń lokalnych i przyspieszonych w kierunku obszaru Tokio i Takasaki, natomiast stacja Shinkansen obsługuje rezerwowane miejsca w dalekobieżnych pociągach wybranych kursów Toki i Tanigawa. Honjo nie ma bezpośredniego połączenia kolejowego z lotniskiem, więc podróż na lotnisko wymaga przesiadki na większych stacjach w rejonie Tokio.
Trasy kolejowe z Honjo biegną na południowy wschód do Omiya, Ueno, Tokio i połączeń w rejonie Jokohamy, na północny zachód do Takasaki i przesiadek w rejonie Maebashi, a na północ korytarzem Shinkansen do Echigo-Yuzawa i Niigaty. Zarezerwuj pociągi z i do Honjo online w Rail Monsters.