Nagaoka to kluczowy węzeł kolejowy w centralnej części prefektury Niigata, położony między korytarzem tokijskim, wybrzeżem Morza Japońskiego a liniami regionalnymi przebiegającymi przez śródlądową część Niigata. Miasto ma jeden główny pasażerski dworzec kolejowy, Nagaoka Station, obsługiwany przez JR East. Jego szczególna rola kolejowa wynika ze skrzyżowania linii Joetsu Shinkansen, Shinetsu Main Line i Joetsu Line.
Pociągi z Nagaoka obejmują usługi superszybkich pociągów Joetsu Shinkansen, pociągi regionalne na Shinetsu Main Line oraz połączenia lokalne korzystające z Joetsu Line w kierunku górskich i dolinnych miejscowości. Nagaoka Station obsługuje zarówno bilety na połączenia dalekobieżne, jak i regionalne, a usługi shinkansen wykorzystują oś Tokio - Niigata, podczas gdy pociągi konwencjonalne obsługują pobliskie miasta w prefekturze Niigata.
Trasy kolejowe z Nagaoka biegną na południe w kierunku Echigo-Yuzawa, Takasaki, Ueno i Tokio, na północ w kierunku Niigata, na zachód w kierunku Kashiwazaki i Naoetsu po stronie Morza Japońskiego, a także w głąb lądu do Ojiya i Tokamachi poprzez połączenia regionalne. Zarezerwuj pociągi do i z Nagaoka online w Rail Monsters.