Shinjo to węzeł kolejowy w północnej prefekturze Yamagata i północna stacja końcowa Yamagata Shinkansen. Miasto ma jedną główną pasażerską stację kolejową, Shinjo Station, obsługiwaną przez JR East. Jego rola kolejowa wynika ze spotkania usług Tsubasa w standardzie Shinkansen, linii głównej Ou Main Line oraz linii regionalnych w całym śródlądowym Tohoku.
Połączenia kolejowe z Shinjo obejmują pociągi Tsubasa kursujące na korytarzu Yamagata Shinkansen, regionalne pociągi Ou Main Line na południe przez prefekturę Yamagata i na północ w kierunku prefektury Akita, a także lokalne połączenia na Rikuu East Line. Shinjo Station obsługuje zarówno dalekobieżne usługi z rezerwacją miejsc, jak i pociągi lokalne, co czyni ją kluczową stacją kolejową dla biletów w rejonie Mogami.
Trasy kolejowe z Shinjo biegną na południe w kierunku Yamagata, Fukushima, Utsunomiya i Tokio, na północ w kierunku Yuzawa i Akita oraz na wschód w kierunku Naruko-Onsen i Furukawa, zapewniając połączenia w Tohoku. Pociągi do Shinjo obsługują również lokalne społeczności w północnej Yamagacie. Zarezerwuj pociągi z i do Shinjo online w Rail Monsters.