Yokohama to jeden z najbardziej ruchliwych węzłów kolejowych w obszarze metropolitalnym Tokio i kluczowy punkt przesiadkowy między centrum Tokio, prefekturą Kanagawa oraz korytarzem Tokaido. Miasto ma dwa główne dalekobieżne punkty kolejowe: stację Yokohama dla połączeń JR East, Keikyu, Tokyu i Sotetsu oraz stację Shin-Yokohama dla pociągów Tokaido Shinkansen JR Central.
Połączenia kolejowe z Yokohamy obejmują odjazdy pociągów dużych prędkości ze stacji Shin-Yokohama, regionalne i miejskie usługi JR East na stacji Yokohama, prywatne linie kolejowe w kierunku Tokio i Kanagawy oraz pociągi Keikyu łączące Yokohamę z lotniskiem Haneda. Shin-Yokohama jest główną stacją dla międzycity biletów na pociągi dużych prędkości, natomiast stacja Yokohama obsługuje szerszy zakres połączeń regionalnych i lotniskowych.
Trasy kolejowe z Yokohamy prowadzą na północ w kierunku Tokio, Shinagawy i Shibuya, na zachód wzdłuż Tokaido Shinkansen do Nagoi, Kioto i Osaki, na południe do Kamakury i półwyspu Miura oraz na południowy zachód do Odawary i regionu Izu. Zarezerwuj pociągi do i z Yokohamy online w Rail Monsters.