O serviço de trem que conecta Messines - Alte a Lisboa é principalmente servido pelos trens regionais Alfa Pendular. Esses trens são conhecidos pelo seu assento confortável e pontualidade, cobrindo a distância a velocidades que variam de 160 km/h a 200 km/h (99 mph a 124 mph). A viagem geralmente leva cerca de 3 a 4 horas, dependendo do cronograma específico e de quaisquer paradas intermediárias, como em Faro ou Albufeira.
Há também uma opção em contraste com os trens Intercidades, que são ligeiramente mais lentos, operando em velocidades semelhantes, mas com paradas mais frequentes ao longo do trajeto, tornando o tempo total de viagem aproximadamente de 4 a 5 horas. Embora ambos os serviços ofereçam comodidades básicas, os trens Alfa Pendular apresentam ar-condicionado e assentos mais espaçosos, além de um serviço de catering que oferece lanches e bebidas. A escolha entre essas duas opções depende das preferências dos viajantes por rapidez versus acessibilidade, sendo o Alfa Pendular a escolha mais rápida para aqueles que vão diretamente para Lisboa.