A rota de Messines - Alte para Pragal é principalmente servida pelos comboios regionais operados pela Comboios de Portugal (CP). O comboio típico que serve esta jornada é o Alfa Pendular, capaz de atingir velocidades de até 160 km/h, embora neste segmento em particular, as velocidades podem ser mais baixas devido às condições da linha. A duração da viagem é de aproximadamente 3 horas, com paradas limitadas ao longo do caminho.
Também existem comboios intercity disponíveis, que oferecem uma opção ligeiramente mais rápida, mas podem exigir conexões em estações principais, estendendo o tempo de viagem. Os passageiros podem esperar assentos confortáveis e serviços a bordo, embora estes possam ser mais básicos em comparação com os comboios de alta velocidade premium em outros países. No geral, o Alfa Pendular é uma opção adequada para aqueles que procuram viajar de Messines - Alte para Pragal com um conforto decente e tempos de viagem razoáveis.