Хакодате — главный железнодорожный узел на юге Хоккайдо, расположенный у южной оконечности острова рядом с железнодорожным коридором Сэйкан к Хонсю. В городской черте есть несколько полезных пассажирских станций, среди которых ведущая роль у станции Hakodate для обычных поездов и у расположенной неподалёку станции Shin-Hakodate-Hokuto для поездов Hokkaido Shinkansen. JR Hokkaido является основным перевозчиком, а Donan Isaribi Railway обслуживает прибрежную линию в сторону Kikonai.
Из Хакодате отправляются поезда Limited Express Hokuto по всему Хоккайдо, местные поезда JR Hokkaido по району Осима, сообщение Hakodate Liner до станции синкансэна и региональные поезда Donan Isaribi Railway. Shin-Hakodate-Hokuto — это точка доступа к высокоскоростной железной дороге для Хакодате, тогда как станция Hakodate остаётся главной железнодорожной станцией в центре города.
Железнодорожные маршруты из Хакодате идут на север в сторону Onuma-Koen, Mori, Oshamambe и Sapporo, на восток через южный Хоккайдо и на юг через Kikonai и тоннель Сэйкан в сторону Aomori, Sendai и Tokyo. Бронируйте поезда из и в Хакодате онлайн на Rail Monsters.