Киото расположен на самом загруженном железнодорожном восточно-западном коридоре Японии, между направлением Токио—Нагоя и регионом Осака—Кобе. В городе есть одна главная дальняя станция — Kyoto Station — а также несколько региональных станций, включая Yamashina, Nijo и Saga-Arashiyama. JR Central обслуживает Tokaido Shinkansen в Киото, а JR West и Kintetsu Railway обеспечивают многие региональные и междугородние рейсы.
Из Киото отправляются скоростные поезда Tokaido Shinkansen, ограниченные экспрессы и местные поезда JR West, рейсы Kintetsu в сторону Нары и центрального Кансая, а также ограниченный экспресс JR West Haruka до аэропорта Kansai International Airport. Kyoto Station — главная железнодорожная станция для синкансена, аэроэкспресса и большинства билетов на дальние поездки.
Железнодорожные маршруты из Киото идут на восток к Нагое и Токио, на запад к Shin-Osaka, Кобе, Хиросиме и Хакате, на юг к Наре и через Кансай к Осаке и Kansai Airport. Региональные поезда JR West также связывают Киото с префектурой Сига, озером Бива и направлением Саньин. Забронируйте поезда из Киото и в Киото онлайн на Rail Monsters.