Мураяма расположена на железнодорожном коридоре JR East через внутреннюю часть префектуры Ямагата, между Ямагатой и Синдзё. В городе есть одна главная пассажирская железнодорожная станция — станция Мураяма, которая обслуживает как поезда Yamagata Shinkansen Tsubasa, так и региональные поезда линии Ou Main Line, также местно продвигаемой как Yamagata Line.
Поезда из Мураямы включают мини-синкансэн, которые курсируют по переоборудованным обычным путям в префектуре Ямагата, и региональные поезда для более коротких поездок внутри префектуры. Станция Мураяма служит железнодорожной точкой доступа для междугородних поездок в сторону коридора Токио через Фукусиму, а местные рейсы связывают близлежащие населённые пункты вдоль района Могами и центрального бассейна Ямагаты.
Железнодорожные маршруты из Мураямы идут на юг в сторону Ямагаты, Тэндо, Каминояма-Онсэн, Фукусимы и Токио, а на север — в сторону Оисида, Синдзё и северной оконечности коридора Yamagata Shinkansen. Билеты на поезд в Мураяму в основном являются билетами JR East, при этом на многие рейсы Tsubasa требуется бронирование мест, а для местных поездов Yamagata Line действует более простая система оформления. Бронируйте поезда в Мураяму и из Мураямы онлайн на Rail Monsters.