Кумамото — великий залізничний вузол у центральному Кюсю, розташований між Фукуокою та Каґосімою на лінії Кюсю Сінкансен. У місті є одна основна станція далекого сполучення — Kumamoto Station, а також допоміжні регіональні зупинки, такі як Kami-Kumamoto та Shin-Suizenji. JR Kyushu є головним оператором, який обслуговує поїзди Shinkansen, обмежено-експресні та місцеві рейси через місто.
Поїзди з Кумамото включають рейси Kyushu Shinkansen на північ–південному високошвидкісному коридорі, обмежено-експресні рейси JR Kyushu у напрямку району Асо, а також регіональні поїзди по всій префектурі Кумамото. Станція Kumamoto Station є головною станцією для міжміських залізничних квитків, тоді як Kami-Kumamoto і Shin-Suizenji обслуговують місцеві та регіональні пересування в міській залізничній мережі.
Залізничні маршрути з Кумамото прямують на північ до Хакати, Куруме та Shin-Tosu, на південь до Kagoshima-Chuo, на схід до Асо та префектури Оїта, а також далі на Хонсю через прямі або пересадкові рейси Shinkansen до Хіросіми та Shin-Osaka. Бронюйте поїзди з Кумамото та до Кумамото онлайн на Rail Monsters.