Токіо є важливим вузлом для залізничних подорожей в Японії, з'єднуючи ключові напрямки по всій країні. Маршрут Токіо - Осака, який покриває приблизно 515 кілометрів, є одним з найзавантаженіших і займає близько 2,5 години на потязі-стрілці Shinkansen. Ще одним популярним маршрутом є Токіо - Кіото, відстань між яким приблизно 450 кілометрів, і поїздка займає приблизно 2 години та 15 хвилин. Лінія Токіо - Нагоя покриває близько 350 кілометрів, а час у дорозі складає близько 1 години та 40 хвилин. Обслуговування до Сендая, приблизно за 350 кілометрів, займає близько 1 години та 30 хвилин, тоді як маршрут до Хіросіми, який покриває майже 800 кілометрів, займає приблизно 4 години. Для міжнародних подорожуючих експрес-апарат Нарусі пропонує прямий доступ до аеропорту Нарусі, з часом у дорозі близько 1 години з Токіо.