Томакомай — це ключовий залізничний вузол JR Hokkaido на південному узбережжі Хоккайдо, розташований між Саппоро, аеропортом Новий Тітосе, Мурораном і Хакодате. У місті є одна головна пасажирська станція, Tomakomai Station, а також менші місцеві зупинки на Muroran Main Line, Chitose Line і Hidaka Main Line. Його залізнична роль є радше регіональною, а не швидкісною: поїзди Limited Express і місцеві потяги з'єднують портове місто з центральним і південним Хоккайдо.
Потяги з Томакомая включають рейси JR Hokkaido Limited Express Hokuto на коридорі Саппоро—Хакодате, рейси Suzuran Limited Express на коридорі Саппоро—Муроран, місцеві потяги в напрямку Саппоро та Мурорана, а також місцеві рейси Hidaka Main Line у напрямку Мукави. Доступ до аеропорту залізницею здійснюється з пересадкою в Minami-Chitose, де пасажири пересідають на потяги до аеропорту Новий Тітосе.
Залізничні маршрути з Томакомая прямують на північний захід до Саппоро та сполучень з Отару, на північний схід до аеропорту Новий Тітосе та Тітосе, на південний захід до Ноборібецу, Хігасі-Мурорана та Хакодате, а на південний схід уздовж узбережжя Хідака до Мукави. Забронюйте потяги з Томакомая та до Томакомая онлайн на Rail Monsters.