Daisen ist ein Bahnknotenpunkt im Binnenland der Präfektur Akita, wobei der Bahnhof Omagari als wichtigster Bahnhof und Umsteigepunkt der Stadt dient. JR East bedient die Stadt mit Akita-Shinkansen-Verbindungen, Regionalzügen auf der Ou-Hauptlinie und Verbindungen auf der Tazawako-Linie. Dadurch ist Daisen ein nützlicher Anschlussknoten zwischen Akita, dem Tohoku-Shinkansen-Korridor und den Binnenregionen im Süden von Akita.
Zu den Zügen ab Daisen gehören Komachi-Verbindungen auf dem Akita Shinkansen, regionale JR-East-Züge nach Norden und Süden auf der Ou-Hauptlinie sowie lokale Verbindungen auf der Tazawako-Linie. Der Bahnhof Omagari ist der Hauptbahnhof für Fernverkehrstickets, während andere Stationen in der Stadt wie Kariwano und Jinguji vor allem den Regionalverkehr innerhalb der Präfektur Akita unterstützen.
Bahnverbindungen von Daisen führen nach Süden Richtung Yokote und Yuzawa, nach Norden Richtung Akita, nach Osten Richtung Kakunodate, Tazawako, Morioka und zum Tohoku-Shinkansen sowie weiter nach Tokio über den Akita Shinkansen. Buchen Sie Züge von und nach Daisen online bei Rail Monsters.