Kikonai ist ein wichtiger Bahnhalt im Süden von Hokkaido, gelegen zwischen dem Seikan-Tunnel-Korridor und dem Raum Hakodate. Die Stadt verfügt über einen zentralen Personenbahnhof, den Bahnhof Kikonai, der von JR Hokkaido auf dem Hokkaido-Shinkansen und von der South Hokkaido Railway auf der Isaribi Line bedient wird. Damit gehört Kikonai zu den wenigen Orten in Hokkaido, an denen Shinkansen-Züge und lokale Küstenbahnverbindungen aufeinandertreffen.
Zu den Verbindungen ab Kikonai gehören Hayabusa- und Hayate-Shinkansen-Züge auf der Strecke zwischen Hokkaido und dem nördlichen Honshu sowie lokale Isaribi-Line-Züge in Richtung Goryokaku und Hakodate. Der Bahnhof Kikonai ist der Bahnhof für sowohl Fernverbindungen mit reservierten Sitzplätzen als auch für regionale Fahrten im südlichen Oshima-Gebiet.
Bahnverbindungen ab Kikonai führen nach Norden in Richtung Shin-Hakodate-Hokuto und ins übrige Hokkaido-Netz, nach Süden durch den Seikan-Tunnel in Richtung Shin-Aomori, Morioka, Sendai und Tokyo sowie nach Osten entlang der Isaribi Line in Richtung Hakodate. Buchen Sie Züge von und nach Kikonai online bei Rail Monsters.