Kumamoto ist ein wichtiger Eisenbahnknotenpunkt in Zentral-Kyushu, gelegen zwischen Fukuoka und Kagoshima an der Kyushu Shinkansen. Die Stadt hat einen wichtigsten Fernbahnhof, den Kumamoto Station, sowie ergänzende Regionalhalte wie Kami-Kumamoto und Shin-Suizenji. JR Kyushu ist der Hauptbetreiber und fährt Shinkansen-, Limited-Express- und Nahverkehrszüge durch die Stadt.
Zu den Zügen ab Kumamoto gehören Kyushu-Shinkansen-Verbindungen auf dem Nord-Süd-Hochgeschwindigkeitskorridor, JR-Kyushu-Limited-Express-Züge in Richtung des Aso-Gebiets sowie Regionalzüge durch die Präfektur Kumamoto. Kumamoto Station ist der Hauptbahnhof für Intercity-Zugtickets, während Kami-Kumamoto und Shin-Suizenji lokale und regionale Fahrten innerhalb des städtischen Bahnnetzes abwickeln.
Eisenbahnverbindungen ab Kumamoto führen nach Norden in Richtung Hakata, Kurume und Shin-Tosu, nach Süden in Richtung Kagoshima-Chuo, nach Osten in Richtung Aso und Präfektur Oita sowie weiter über Honshu mittels direkter oder umsteigender Shinkansen-Verbindungen nach Hiroshima und Shin-Osaka. Buchen Sie Züge von und nach Kumamoto online bei Rail Monsters.