Der Kumamoto Bahnhof bietet verschiedene Annehmlichkeiten für Reisende. Zu den Einrichtungen gehören Ticketverkaufsstellen, Selbstbedienungskioske zur Buchung von Fahrkarten und Informationsschalter, die von Personal besetzt sind, das bei Anfragen helfen kann. Es gibt Wartebereiche mit Sitzgelegenheiten, sauberen Toiletten und Stillräumen. Der Bahnhof bietet mehrere Essensmöglichkeiten, darunter Restaurants und Cafés, die lokale Küche anbieten. Darüber hinaus finden Passagiere eine Auswahl an Geschäften, die Snacks, Getränke und Reisebedarf verkaufen. Gepäckaufbewahrungsdienste stehen für diejenigen zur Verfügung, die das Gebiet ohne ihr Gepäck erkunden möchten. Kostenloses WLAN, Ladestationen für elektronische Geräte und Geldautomatendienste sind ebenfalls vorhanden. Der Bahnhof ist vollständig barrierefrei und bietet Einrichtungen für Menschen mit Behinderungen.