Jakarta sert de point central pour le transport ferroviaire en Indonésie, avec plusieurs gares clés qui relient la capitale à diverses régions. La gare principale de Jakarta est la gare Gambir, qui est le principal hub pour les trains longue distance, offrant des services vers des destinations telles que Bandung, Semarang et Cirebon. Une autre gare importante est Pasar Senen, qui s'occupe principalement des services de classe économique et qui relie des villes comme Yogyakarta et Solo. La ligne de banlieue, exploitée par KAI Commuter, relie Jakarta aux environs, facilitant les voyages vers Bekasi, Tangerang et Bogor. L'infrastructure ferroviaire de Jakarta soutient à la fois le transport interurbain et local, en faisant un carrefour crucial dans le réseau ferroviaire indonésien.