Daisen est un pôle ferroviaire de l'intérieur de la préfecture d'Akita, avec la gare d'Omagari qui sert de principale gare de la ville et de correspondance. JR East dessert la ville avec des services Akita Shinkansen, des trains régionaux sur la ligne principale Ou et des services sur la ligne Tazawako. Daisen constitue ainsi un point de correspondance pratique entre Akita, le corridor du Tohoku Shinkansen et les communautés intérieures du sud d'Akita.
Les trains au départ de Daisen comprennent les services Komachi sur l'Akita Shinkansen, les trains régionaux JR East au nord et au sud sur la ligne principale Ou, ainsi que les services locaux sur la ligne Tazawako. La gare d'Omagari est la principale gare pour les billets de train longue distance, tandis que d'autres arrêts de la ville comme Kariwano et Jinguji servent principalement les déplacements régionaux dans la préfecture d'Akita.
Les lignes ferroviaires au départ de Daisen partent vers le sud en direction de Yokote et Yuzawa, vers le nord en direction d'Akita, vers l'est en direction de Kakunodate, Tazawako, Morioka et le Tohoku Shinkansen, puis jusqu'à Tokyo via l'Akita Shinkansen. Réservez en ligne les trains depuis et vers Daisen sur Rail Monsters.