Honjo se trouve dans le nord de la préfecture de Saitama, sur les axes ferroviaires de JR East reliant la région de Tokyo à Takasaki et à la préfecture de Niigata. La ville compte deux principales gares voyageurs : la gare de Honjo sur la ligne conventionnelle Takasaki et la gare de Honjo-Waseda sur le Joetsu Shinkansen. Cela offre à Honjo à la fois un accès régional à travers Saitama et Gunma, ainsi qu’un accès ferroviaire à grande vitesse sur l’axe Tokyo - Niigata.
Les trains au départ de Honjo incluent les services JR East de la ligne Takasaki via la gare de Honjo et les services Joetsu Shinkansen desservant la gare de Honjo-Waseda. La ligne conventionnelle est utilisée pour les services locaux et rapides vers la région de Tokyo et Takasaki, tandis que la gare Shinkansen gère des services longue distance sur réservation sur certains trains Toki et Tanigawa. Honjo ne dispose pas de liaison ferroviaire directe vers l’aéroport, de sorte que les trajets aéroportuaires nécessitent une correspondance via des gares plus importantes de la région de Tokyo.
Les itinéraires ferroviaires depuis Honjo vont vers le sud-est en direction d’Omiya, Ueno, Tokyo et des correspondances vers la région de Yokohama, vers le nord-ouest en direction de Takasaki et des correspondances vers la région de Maebashi, et vers le nord sur le corridor Shinkansen en direction d’Echigo-Yuzawa et de Niigata. Réservez en ligne vos trains au départ et à destination de Honjo sur Rail Monsters.