Nagaoka est un nœud ferroviaire clé dans le centre de la préfecture de Niigata, situé entre le corridor de Tokyo, la côte de la mer du Japon et les lignes régionales traversant l’intérieur de Niigata. La ville compte une principale gare voyageurs, Nagaoka Station, desservie par JR East. Son rôle ferroviaire spécifique découle de la rencontre du Joetsu Shinkansen, de la Shinetsu Main Line et de la Joetsu Line.
Les trains au départ de Nagaoka comprennent des services de train à grande vitesse Joetsu Shinkansen, des trains régionaux sur la Shinetsu Main Line et des services locaux utilisant la Joetsu Line vers les villes de montagne et de vallée. Nagaoka Station gère à la fois des billets de train longue distance et régionaux, avec des services shinkansen utilisant l’axe Tokyo - Niigata et des trains classiques desservant les villes voisines de la préfecture de Niigata.
Les lignes ferroviaires depuis Nagaoka partent vers le sud en direction d’Echigo-Yuzawa, Takasaki, Ueno et Tokyo, vers le nord en direction de Niigata, vers l’ouest en direction de Kashiwazaki et Naoetsu sur le versant de la mer du Japon, et vers l’intérieur des terres en direction d’Ojiya et de Tokamachi via des correspondances régionales. Réservez des trains depuis et vers Nagaoka en ligne sur Rail Monsters.