Tokyo est un carrefour majeur pour les voyages en train au Japon, reliant des destinations clés à travers le pays. La ligne Tokyo à Osaka, couvrant environ 515 kilomètres, est l'une des plus fréquentées et prend environ 2,5 heures via le train à grande vitesse Shinkansen. Un autre voyage populaire est celui de Tokyo à Kyoto, qui s'étend sur environ 450 kilomètres et prend environ 2 heures et 15 minutes. La ligne Tokyo à Nagoya couvre environ 350 kilomètres avec un temps de trajet d'environ 1 heure et 40 minutes. Le service vers Sendai, situé à environ 350 kilomètres, prend environ 1 heure et 30 minutes, tandis que la ligne vers Hiroshima, couvrant presque 800 kilomètres, prend environ 4 heures. Pour les voyageurs internationaux, le Narita Express offre un accès direct à l'aéroport de Narita, avec un temps de trajet d'environ 1 heure depuis Tokyo.