Tokyo est le plus grand hub ferroviaire du Japon et le principal point de correspondance pour plusieurs corridors ferroviaires nationaux. La ville compte plusieurs grandes gares, Tokyo Station jouant le rôle de principal terminus Shinkansen, tandis que JR East, JR Central, Keisei Electric Railway, Tobu Railway, Odakyu Electric Railway et Seibu Railway assurent tous d'importants flux de voyageurs dans toute la zone métropolitaine.
Les trains à grande vitesse au départ de Tokyo incluent les services JR Central Tokaido Shinkansen depuis Tokyo Station et Shinagawa, ainsi que les services JR East Shinkansen depuis Tokyo et Ueno vers le nord, les régions montagneuses et la mer du Japon. JR East exploite également des trains express limités, rapides et des services ferroviaires vers les aéroports, dont le Narita Express, tandis que Keisei exploite les trains Skyliner entre Ueno et l'aéroport de Narita.
Les lignes ferroviaires au départ de Tokyo partent vers l'ouest en direction de Yokohama, Nagoya, Kyoto et Osaka, vers le nord en direction de Sendai, Morioka, Akita et Aomori, vers le nord-ouest en direction de Niigata et Kanazawa, et vers l'est en direction de l'aéroport de Narita et de Chiba. Réservez en ligne vos trains au départ et à destination de Tokyo sur Rail Monsters.