El Aioun sert de centre régional dans le réseau ferroviaire du Maroc, reliant diverses villes à travers le pays. La principale gare d'El Aioun offre des connexions avec des villes majeures, notamment Marrakech et Casablanca, entre autres. La gare fait partie du réseau de l'ONCF (Office National des Chemins de Fer), qui propose des services pour le transport de passagers et de fret. Bien qu'elle ne soit pas aussi grande que d'autres gares marocaines, El Aioun joue un rôle vital dans la facilitation des voyages au sein de la région. Des services de train fréquents répondent aux besoins des navetteurs et des voyageurs, garantissant l'accès à des destinations clés.