Joetsu è un nodo ferroviario nel sud-ovest della Prefettura di Niigata, situato tra il corridoio dello Shinkansen Hokuriku e le linee convenzionali lungo la costa del Mar del Giappone. La città ha due principali stazioni passeggeri per i viaggi intercity: la stazione di Joetsumyoko per i servizi ad alta velocità e la stazione di Naoetsu per i treni regionali e i limited express. JR East, JR West, Echigo Tokimeki Railway e Hokuetsu Express servono tutti l'area di Joetsu.
La stazione di Joetsumyoko è la fermata della città per i treni ad alta velocità, utilizzata dai servizi dello Hokuriku Shinkansen diretti a est verso Nagano e Tokyo e a ovest verso Toyama, Kanazawa e Tsuruga. La stazione di Naoetsu gestisce le tratte regionali della rete Echigo Tokimeki Railway, i servizi limited express di JR East verso Niigata e i treni Hokuetsu Express attraverso l'entroterra di Niigata.
Le linee ferroviarie da Joetsu si dirigono a sud e a est verso Nagano, Takasaki, Omiya e Tokyo, a ovest lungo il corridoio Hokuriku verso Toyama e Kanazawa, a nord verso Kashiwazaki e Niigata, e lungo la linea costiera verso Itoigawa. Prenota online i treni da e per Joetsu su Rail Monsters.