Niigata è il capolinea settentrionale dello Shinkansen Joetsu e il principale snodo ferroviario della Prefettura di Niigata sulla costa del Mar del Giappone in Giappone. La città è servita da JR East, con la stazione di Niigata che gestisce servizi Shinkansen, limited express e regionali. Il ruolo ferroviario di Niigata si concentra nel collegare il corridoio di Tokyo con le linee costiere e interne attraverso il nord di Honshu.
I treni da Niigata includono i servizi Toki Shinkansen sullo Shinkansen Joetsu, i treni limited express Inaho lungo la Uetsu Main Line, i servizi limited express Shirayuki verso il collegamento con Hokuriku e i treni locali JR East sulla Shinetsu Main Line, Echigo Line, Hakushin Line e Banetsu West Line. La stazione di Niitsu, all'interno della città di Niigata, è un importante snodo regionale per le linee interne.
Le linee ferroviarie da Niigata si dirigono a sud verso Tokyo, Omiya e Nagaoka, a ovest verso Kashiwazaki e l'area di Joetsu, a nord lungo la costa verso Sakata e Akita, e verso l'interno fino ad Aizuwakamatsu sulla Banetsu West Line. I biglietti del treno possono essere prenotati sia per i servizi JR East a lunga distanza sia per quelli regionali. Prenota online i treni da e per Niigata su Rail Monsters.