Shinagawa è uno dei principali nodi ferroviari di Tokyo, situato sul lato sud della rete ferroviaria centrale della capitale. L'area ruota attorno alla stazione di Shinagawa, una fermata chiave del Tokaido Shinkansen e un interscambio per i servizi JR East e Keikyu. Il suo ruolo ferroviario è definito dall'accesso a lunga percorrenza verso ovest da Tokyo e dall'accesso aeroportuale verso Haneda.
I servizi da Shinagawa includono i servizi JR Central dei treni proiettile sul Tokaido Shinkansen, i treni urbani e regionali JR East su linee come la Yamanote Line, la Keihin-Tohoku Line, la Tokaido Line, la Yokosuka Line, e i treni Keikyu verso l'aeroporto e la costa di Kanagawa. La stazione di Shinagawa è la principale stazione ferroviaria per i biglietti del treno che prevedono viaggi a lunga distanza sullo Shinkansen, mentre la vicina Takanawa Gateway serve i servizi locali JR East all'interno di Tokyo.
Le rotte ferroviarie da Shinagawa si dirigono verso ovest a Nagoya, Kyoto, Osaka e Hiroshima tramite i corridoi Tokaido e Sanyo Shinkansen, verso sud a Yokohama e Kamakura sulle linee JR East, e verso sud-est all'aeroporto di Haneda su Keikyu. Prenota online i treni da e per Shinagawa su Rail Monsters.