Tokyo funge da principale hub per i viaggi ferroviari in Giappone, collegandosi a destinazioni chiave in tutto il paese. Il percorso da Tokyo a Osaka, che copre circa 515 chilometri, è uno dei più trafficati e impiega circa 2,5 ore tramite il treno proiettile Shinkansen. Un altro viaggio popolare è Tokyo-Kyoto, che si estende per circa 450 chilometri e richiede circa 2 ore e 15 minuti. La linea da Tokyo a Nagoya copre circa 350 chilometri con un tempo di percorrenza di circa 1 ora e 40 minuti. Il servizio per Sendai, situata a circa 350 chilometri di distanza, richiede circa 1 ora e 30 minuti, mentre il percorso per Hiroshima, che copre quasi 800 chilometri, impiega circa 4 ore. Per i viaggiatori internazionali, il Narita Express offre accesso diretto all'Aeroporto di Narita, con un tempo di viaggio di circa 1 ora da Tokyo.