ジャカルタはインドネシア最大の旅客鉄道ハブであり、ジャワ島の都市間鉄道網への主要な西側玄関口です。この都市には1つの中央ターミナルではなく複数の主要駅があり、KAIが従来型の長距離列車を運行し、KCICがハリム発のWhoosh高速サービスを運行しています。この分かれ方は、ジャカルタの鉄道チケットを予約する際に重要です。駅の選択はサービスの種類と路線によって異なるためです。
KAIの長距離サービスでは、ジャワ島各地を結ぶ多くの列車にグンビル駅とパサール・スネン駅が使用され、ジャティネガラ駅とジャカルタ・コタ駅は一部の都市間・地域列車を扱います。ハリムは、西ジャワ方面へ向かうWhoosh高速列車のジャカルタ側ターミナルです。KAI Bandaraは中央ジャカルタの駅とスカルノ・ハッタ国際空港を結ぶ空港鉄道を運行しており、都市間線路を使わずに空港エリアへ鉄道アクセスを提供しています。
ジャカルタ発の鉄道路線はジャワ島を東へ走り、チルボン、スマラン、ジョグジャカルタ、ソロ、スラバヤ、マランへ向かいます。高速サービスはハリム経由でバンドン方面へ南東に向かいます。ジャカルタ行きの列車は、中部ジャワ、東ジャワ、西ジャワ、空港回廊から到着します。ジャカルタ発着の列車はRail Monstersでオンライン予約できます。