熊本は九州中部の主要な鉄道拠点で、九州新幹線では福岡と鹿児島の間に位置しています。市内には主要な長距離列車駅として熊本駅があり、上熊本駅や新水前寺駅などの地域停車駅がそれを補完しています。JR九州が主要な運行会社で、新幹線、特急、普通列車が市内を走っています。
熊本発の列車には、南北の高速幹線を走る九州新幹線、阿蘇方面へ向かうJR九州の特急列車、そして熊本県内を結ぶ地域列車があります。熊本駅は都市間列車チケットの主要駅であり、上熊本駅と新水前寺駅は都市鉄道網内での市内・地域移動を担っています。
熊本からの鉄道路線は、北へ博多、久留米、新鳥栖へ、南へ鹿児島中央へ、東へ阿蘇や大分県へ伸びており、さらに広島や新大阪へ向かう直通または乗り継ぎの新幹線で本州方面にもアクセスできます。熊本発着の列車はRail Monstersでオンライン予約できます。