Aomori leży na północnym krańcu japońskiej sieci kolejowej na Honsiu, gdzie usługi Shinkansen łączą korytarz Tohoku z Hokkaido. W mieście są dwa główne dworce pasażerskie: Shin-Aomori dla kolei dużych prędkości oraz Aomori Station dla połączeń regionalnych bliżej centrum miasta. JR East, JR Hokkaido i Aoimori Railway obsługują obszar Aomori.
Pociągi z Aomori obejmują połączenia Hayabusa Shinkansen na Tohoku Shinkansen i Hokkaido Shinkansen, regionalne pociągi JR East na linii Ou Main Line i Tsugaru Line oraz pociągi Aoimori Railway wzdłuż dawnego korytarza linii Tohoku Main Line. Shin-Aomori jest główną stacją dla podróży pociągami dużych prędkości, natomiast Aomori Station obsługuje wiele lokalnych i regionalnych odjazdów.
Trasy kolejowe z Aomori biegną na południe do Hachinohe, Morioka, Sendai i Tokio, na północ przez Tunel Seikan do Shin-Hakodate-Hokuto na Hokkaido oraz na zachód do Hirosaki na regionalnych połączeniach JR East. Zarezerwuj pociągi z i do Aomori online w Rail Monsters.