Kikonai to ważny kolejowy przystanek w południowym Hokkaido, położony między korytarzem Tunelu Seikan a obszarem Hakodate. Miasto ma jeden główny pasażerski węzeł kolejowy, stację Kikonai, obsługiwaną przez JR Hokkaido na Hokkaido Shinkansen oraz przez South Hokkaido Railway na linii Isaribi. Dzięki temu Kikonai jest jednym z nielicznych miejsc na Hokkaido, gdzie spotykają się pociągi Shinkansen i lokalne przybrzeżne połączenia kolejowe.
Z Kikonai kursują pociągi Shinkansen Hayabusa i Hayate na trasie łączącej Hokkaido z północnym Honshu, a także lokalne pociągi linii Isaribi w kierunku Goryokaku i Hakodate. Stacja Kikonai jest stacją kolejową wykorzystywaną zarówno przez dalekobieżne połączenia z rezerwacją miejsc, jak i przez podróże regionalne po południowym obszarze Oshima.
Trasy kolejowe z Kikonai biegną na północ do Shin-Hakodate-Hokuto i szerszej sieci kolejowej Hokkaido, na południe przez Tunel Seikan do Shin-Aomori, Morioki, Sendai i Tokio oraz na wschód wzdłuż linii Isaribi w kierunku Hakodate. Zarezerwuj pociągi do i z Kikonai online w Rail Monsters.