Токио — главный пассажирский железнодорожный узел Японии и точка, где несколько национальных железнодорожных коридоров сходятся в сети столичного региона. В городе есть несколько крупных междугородних вокзалов, включая Tokyo Station, Shinagawa, Ueno, Shinjuku и Ikebukuro. JR East и JR Central являются основными операторами поездов дальнего следования в Токио и из Токио, а дополнительные аэропортовые железнодорожные сообщения обслуживаются JR East и Keisei Electric Railway.
Tokyo Station — главный вокзал для поездов Синкансэн, при этом JR Central обслуживает Tokaido Shinkansen в западном направлении, а JR East — Tohoku, Joetsu, Hokuriku, Yamagata и Akita Shinkansen на север и северо-запад. Shinagawa также обслуживает отправления Tokaido Shinkansen, а Ueno — некоторые поезда JR East Shinkansen и региональные маршруты. Narita Express и Keisei Skyliner обеспечивают железнодорожное сообщение между центральным Токио и аэропортом Нарита.
Железнодорожные маршруты из Токио идут на запад в направлении Нагои, Киото, Осаки и Хиросимы, на север — в сторону Сендая, Мориоки, Акиты и Аомори, на северо-запад — в сторону Нагано и Канадзавы, а также по региональным направлениям по всему Канто, включая Иокогаму, Камакуру, Никко и Нариту. Забронируйте поезда в Токио и из Токио онлайн на Rail Monsters.