东京是日本主要的客运铁路枢纽,也是多条全国铁路走廊汇聚首都圈网络的地点。该市拥有多个主要城际火车站,包括东京站、品川、上野、新宿和池袋。JR东日本和JR东海是往返东京长途列车的主要运营商,另有由JR东日本和京成电铁运营的机场铁路服务。
东京站是新干线服务的主要火车站,JR东海运营向西行驶的东海道新干线,JR东日本运营向北和西北方向的东北、上越、北陆、山形和秋田新干线。品川也办理东海道新干线的发车,上野则服务部分JR东日本新干线列车和区域列车。成田特快和京成Skyliner提供东京市中心与成田机场之间的铁路连接。
从东京出发的铁路线路向西通往名古屋、京都、大阪和广岛,向北通往仙台、盛冈、秋田和青森,向西北通往长野和金泽,并向关东各地区延伸,包括横滨、镰仓、日光和成田。可在Rail Monsters在线预订往返东京的列车。