Der Bahnhof Shin-Hakodate-Hokuto verfügt über 3 Gleise, die die Hokkaido Shinkansen-Linie bedienen. Der Bahnhof liegt etwa 20 Kilometer vom Stadtzentrum Hakodate entfernt. Jedes Gleis hat Beschilderungen, die sowohl auf Japanisch als auch auf Englisch verfügbar sind, um Reisenden bei der Suche nach ihren Zügen zu helfen. Der Bahnhof ist mit Fahrkartenautomaten ausgestattet, die auch mehrsprachige Optionen bieten, sowie einem Fahrkartenschalter für zusätzliche Dienstleistungen. Es gibt klare Wegweiser im gesamten Bahnhof, um Passagieren zu helfen, Toiletten, Wartebereiche und Ausgänge zu finden. Einrichtungen für Menschen mit eingeschränkter Mobilität sind ebenfalls verfügbar, darunter Rampen und Aufzüge, um die Gleise zu erreichen.