Der Bahnhof Joetsu-Myoko verfügt über 2 Gleise, die die Hokuriku Shinkansen-Linie bedienen. Gleis 1 bedient den Zug in Richtung Nagano, während Gleis 2 für Züge nach Kanazawa vorgesehen ist. Der Bahnhof ist mit Fahrkartenautomaten und Fahrkartenschaltern im Erdgeschoss ausgestattet, die Dienste in Japanisch und Englisch anbieten. Es gibt deutliche Beschilderungen, um Reisenden zu helfen, die Gleise zu erreichen, und sowohl Rolltreppen als auch Aufzüge sind verfügbar für Personen mit schwerem Gepäck oder Mobilitätseinschränkungen. Die Anordnung des Bahnhofs macht es einfach, sich zu orientieren, da die Gleise direkt vom Hauptbereich der Ticketverkäufe zugänglich sind, was schnelle Übergänge zwischen den Zügen gewährleistet.