Der Bahnhof Niigata hat 5 Gleise, die hauptsächlich den Joetsu Shinkansen, die Hokuriku-Linie und die Niigata-Linie bedienen. Die Gleise sind in einem linearen Format angeordnet, was den einfachen Zugang zu verschiedenen Zugdiensten erleichtert. Aufzüge und Rolltreppen bieten Verbindungen zwischen dem Erdgeschoss, den Ticketbüros und den Gleisen, um die Zugänglichkeit für alle Passagiere sicherzustellen. Die Ticketverkaufsstellen befinden sich im ersten Stock, neben dem Hauptwarteraum, mit Schildern, die sowohl in Japanisch als auch in Englisch verfügbar sind, um internationalen Reisenden zu helfen. Darüber hinaus sind Einrichtungen wie Warteräume und Toiletten günstig in der Nähe der Gleise gelegen.