Der Shin-Tamana Bahnhof verfügt über insgesamt 3 Gleise, die der Kyushu Shinkansen Linie gewidmet sind, die Kumamoto mit Hakata verbindet. Jedes Gleis ist deutlich gekennzeichnet und nummeriert, um die Identifizierung zu erleichtern: Gleis 1 bedient Züge nach Hakata, Gleis 2 ermöglicht Züge nach Kumamoto und Gleis 3 beherbergt lokale Servicezüge. Der Bahnhof verfügt über Wartebereiche neben den Gleisen, mit elektronischen Anzeigen, die die Fahrpläne der Züge in Echtzeit bereitstellen. Für diejenigen, die Unterstützung benötigen, sind sowohl Aufzüge als auch Rolltreppen verfügbar, um auf alle Gleise zuzugreifen. Fahrkartenautomaten und ein Fahrkartenbüro befinden sich im Erdgeschoss in der Nähe des Eingangs, mit englischsprachigen Optionen, die an ausgewählten Automaten verfügbar sind.