Tokio sirve como un importante centro para los viajes en tren en Japón, conectando con destinos clave en todo el país. La ruta de Tokio a Osaka, que cubre aproximadamente 515 kilómetros, es una de las más concurridas y toma alrededor de 2.5 horas en tren bala Shinkansen. Otro viaje popular es de Tokio a Kioto, que abarca aproximadamente 450 kilómetros y toma alrededor de 2 horas y 15 minutos. La línea de Tokio a Nagoya cubre unos 350 kilómetros con un tiempo de viaje de aproximadamente 1 hora y 40 minutos. El servicio a Sendai, que se encuentra a aproximadamente 350 kilómetros de distancia, toma cerca de 1 hora y 30 minutos, mientras que la ruta a Hiroshima, que abarca casi 800 kilómetros, toma aproximadamente 4 horas. Para los viajeros internacionales, el Narita Express ofrece acceso directo al Aeropuerto de Narita, con un tiempo de viaje de aproximadamente 1 hora desde Tokio.