Niigata est le terminus nord du Shinkansen Jōetsu et le principal nœud ferroviaire de la préfecture de Niigata sur la côte japonaise de la mer du Japon. La ville est desservie par JR East, la gare de Niigata assurant les services Shinkansen, express limités et régionaux. Le rôle ferroviaire de Niigata consiste essentiellement à relier le corridor de Tokyo aux itinéraires côtiers et intérieurs à travers le nord de Honshu.
Les trains au départ de Niigata comprennent les services Toki Shinkansen sur le Shinkansen Jōetsu, les trains express limités Inaho le long de la ligne principale Uetsu, les services express limités Shirayuki vers la liaison Hokuriku, ainsi que les trains locaux JR East sur la ligne principale Shinetsu, la ligne Echigo, la ligne Hakushin et la ligne Banetsu Ouest. La gare de Niitsu, située dans la ville de Niigata, est un important carrefour régional pour les lignes intérieures.
Les liaisons ferroviaires depuis Niigata partent vers le sud en direction de Tokyo, Omiya et Nagaoka, vers l’ouest en direction de Kashiwazaki et de la région de Jōetsu, vers le nord le long de la côte en direction de Sakata et Akita, et vers l’intérieur des terres en direction d’Aizuwakamatsu sur la ligne Banetsu Ouest. Les billets de train peuvent être réservés pour les services JR East longue distance et régionaux. Réservez en ligne vos trains au départ et à destination de Niigata sur Rail Monsters.